Η πρώτη απόφαση που πρέπει να πάρει κανείς πριν στήσει το νέο του ενυδρείο είναι το που θα το τοποθετήσει.
Το ενυδρείο πρέπει οπωσδήποτε να βρίσκεται μακριά από σημεία που χτυπάει το φως του ήλιου ώστε να αποφύγετε το πρασίνισμα του ενυδρείου σας λόγω εμφάνισης άλγης.
Καλό είναι να αποφεύγεται η τοποθέτηση του ενυδρείου κοντά σε πόρτες και παράθυρα ώστε να μην τρομάζουν τα ψάρια από το απότομο άνοιγμα ή κλείσιμο της πόρτας. Επίσης το ενυδρείο εφόσον είναι μικρής χωρητικότητας, καλό είναι να βρίσκεται μακριά από εστίες θέρμανσης (σώματα καλοριφέρ κλπ.) ώστε να μπορείτε να ελέγχετε καλύτερα τη θερμοκρασία του νερού. Δε θα επηρεάσει ιδιαίτερα το να βρίσκεται το ενυδρείο δίπλα σε θερμαντικό σώμα όσο το να βρίσκεται πάνω από αυτό.
Η καλύτερη τοποθεσία είναι κάποια σκοτεινή και ήσυχη γωνία χωρίς ιδιαίτερη θέρμανση. Με τη τοποθέτηση του ενυδρείου εκεί θα επιτευχθεί πιο εντυπωσιακό αποτέλεσμα καθώς θα υπάρχει καλύτερη αντίθεση μεταξύ του φωτεινού ενυδρείου και του σκοτεινού χώρου. Επίσης πολύ καλή ιδέα είναι και η τοποθέτηση του ενυδρείου ως διαχωριστικό δύο χώρων καθώς έτσι επιτυγχάνεται πολύ εντυπωσιακό αποτέλεσμα ενώ συνήθως θα βρίσκεται και μακριά από παράθυρα, πόρτες και θερμαντικά σώματα.